Щука любит прибрежные участки, мели, заросли камышей и редко встречается посреди плесов, на глубинах. Больше всего щуки в Селижаровском, Троицком, Кравотынском плесах, во внутренних селигерских реках Непри и Полоновке.
Помимо рыб, на Селигере когда-то водилось множество раков. В конце прошлого века ежегодно их вылавливали здесь около миллиона штук. Однако после массовой гибели раков в начале нашего века они встречаются лишь в небольших озерах.